科技實力特別是原始創新能力已成為國際競爭的焦點之一，作為科技創新平臺的國家級、省級重點實驗室、工程（技術）研究中心肩負著重要的歷史使命，已成為國家科技創新體系的重要組成部分。東南大學歷來以“科技興國”為己任，把建設一流的科學研究基礎設施作為服務國家創新體系建設的重點。

國家重點實驗室：
毫米波國家重點實驗室	移動通信國家重點實驗室
生物電子學國家重點實驗室
國家工程（技術）研究中心：
火電機組振動國家工程研究中心	玄武巖纖維生產及應用技術國家地方聯合工程研究中心
光傳感通信綜合網絡國家地方聯合工程研究中心	國家專用集成電路系統工程技術研究中心
國家預應力工程技術研究中心
國家專業實驗室：
計算機輔助建筑設計（CAAD）國家專業實驗室
教育部重點實驗室：
計算機網絡和信息集成教育部重點實驗室	混凝土及預應力混凝土結構教育部重點實驗室
微電子機械系統教育部重點實驗室	發育與疾病相關基因教育部重點實驗室（部省共建）
兒童發展與學習科學教育部重點實驗室	復雜工程系統測量與控制教育部重點實驗室
城市與建筑遺產保護教育部重點實驗室	環境醫學工程教育部重點實驗室
能源熱轉換及其過程測控教育部重點實驗室	水聲XXX教育部重點實驗室
微慣性儀表XXX教育部重點實驗室
教育部工程研究中心：
智能交通運輸系統教育部工程研究中心	新型光源技術及裝備教育部工程研究中心
射頻集成電路與系統教育部工程研究中心	伺服控制技術教育部工程研究中心
低碳型建筑環境設備與系統教育部工程研究中心
其他部委實驗室：
國土資源部土地實地調查監測技術重點實驗室
江蘇省級重點高端智庫： 中國特色社會主義發展研究院 江蘇省重點實驗室：
江蘇省網絡與信息安全高技術研究重點實驗室	江蘇省生物材料與器件重點實驗室
江蘇省土木工程材料高技術研究重點實驗室	江蘇省先進金屬材料高技術研究重點實驗室
江蘇省微納生物醫療器械設計與制造重點實驗室	江蘇省生物藥物高技術研究重點實驗室
江蘇省智能電網技術與裝備重點實驗室	江蘇省交通規劃與管理重點實驗室
江蘇省計算機網絡技術重點實驗室	江蘇省分子影象與功能影象重點實驗室
江蘇省遠程測控技術重點實驗室	江蘇省傳感網技術重點實驗室
江蘇省工程力學分析重點實驗室	江蘇省網絡群體智能重點實驗室
江蘇省工程（技術）研究中心：
江蘇省顯示技術工程研究中心	江蘇省數碼技術工程研究中心
江蘇省光通信器件與技術工程研究中心	江蘇省伺服工程研究中心
江蘇省射頻與光電集成電路工程研究中心	江蘇省光電功能材料工程實驗室
江蘇省信息顯示工程技術研究中心	江蘇省污染控制及資源化工程技術研究中心
江蘇省現代混凝土耐久性評估與提升工程技術研究中心 新型科研機構： 丘成桐中心
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分析測試中心	醫學影像與精確診治技術研究中心
先進材料研究中心	電子系統可靠性研究所/光子學與光通信研究所
電光源研究中心	集團經濟與產業組織研究中心
伽利略系統歐亞（中國）教育與應用開發中心	現代集成制造系統(CIMS)研究中心
先進光子學中心	旅游與景觀研究所
東南大學太赫茲研究所